新基因挖掘不用查找海量文献了，这个数据库帮你一步到位（不是KEGG）

行业来源：今日热点网时间：2024-09-03 17:40:04

2023年9月份，迈维代谢发布了第一版本MetMapTM通路数据库，2024年7月份2.0版MetMapTM正式上线。MetMapTM到底是什么？从哪里能得到MetMapTM数据信息，以及MetMapTM对于科研工作者有没有用，有多大用？这篇文章将一次给大家讲清楚。

一．什么是MetMapTM

MetMapTM ，是在KEGG数据库基础上延伸而来的新的基因及代谢物通路注释数据库，弥补了KEGG数据库基因及代谢物不完善的情况。

有了KEGG数据库，为什么还要MetMapTM数据库？

KEGG是目前在基因研究中最常见的一个数据库，整合了基因组、化学和系统功能信息的综合性数据，KEGG最大的优点是以通路图的形式展示了

酶，化合物的调控关系，以及代谢通路的上下游关系。KEGG数据库的信息是以文献报道的基因功能为基础，在通路上不断更新。在过去的一年里，KEGG数据库内物质数量增加248个物质，但从下图可知，真正反应到植物上的通路只有两条，也仅仅是做了更名。

那么植物中每年大量验证出来的基因及代谢物信息，其实并没有被KEGG收录，当我们做完转录组及代谢组的数据之后，这些没有被注释的基因和代谢物信息，一部分老师就把他舍弃了，另一部分老师可能需要耗费巨大的精力进行文献调研，找到这些基因已经报道过的注释信息及功能。因为这些KEGG没收录的信息，往往是比较新的验证结果，甚至对一些物种来讲，是一些没有报道的新基因，对于后续数据的挖掘至关重要。

那么是否有一个额外补充的数据库，补充了KEGG缺乏的基因及代谢物的功能信息，并且又不需要自己查找文献呢？

答案当然是有，那就是MetMap™数据库。

二．MetMapTM数据库介绍

迈维2023年10月份首次发布了自主开发的MetMap™️通路数据库，在过去的9个月里，基因及代谢物的数量一直在不断扩充。今年7月，迈维对MetMap™️通路数据库再次升级，通路由30条增加到现在的60条。新增黄酮、萜类、生物碱、香豆素通路的相关基因及代谢物信息。下图为MetMap™通路图展示效果。

MetMap™通路图展示

MetMap™核心要素解释

三结题报告里MetMapTM数据怎么看

1.转录组

转录组结题报告的分析是单独交付，包括网页版结题报告和结果文件。

分析内容包括MetMap™通路注释分析，以及富集分析。分析展示与KEGG类似，MetMap™通路注释结果，富集柱状图，富集气泡图等等都有提供。如下图展示。

MetMap™通路注释图

MetMap™通路富集气泡图

2.代谢组结题报告/转录组+代谢组关联分析结题报告

代谢组结题报告与转录组+代谢组关联分析结题报告里，MetMap™数据库分析结果与KEGG数据库分析结果进行了合并。在通路注释富集表格中，ko_ID 列，若名称展示为MetMaP***则为MetMap™数据库注释的结果，若为ko****展示，则为KEGG通路展示结果。

KEGG及MetMap™通路注释结果（代谢组/转录组+代谢组结果）

同样，通路柱状图与通路气泡图也同时展示了MetMap™和KEGG两个数据库富集的结果。

KEGG及MetMap™通路富集气泡图（代谢组/转录组+代谢组结果）注：红框处MetMapTM为数据库富集结果展示通路

目前，数据库注释与富集分析已经全面上线，凡是在迈维代谢进行植物广泛靶向代谢组代谢组检测，转录组检测的项目，分析均会交付MetMap™分析内容。因为，转录组+代谢组关联分析基础是转录组与代谢组单独分析结果上开始的，所以需要两个组学同时在迈维代谢进行检测，关联分析交付报告才包含此内容。

四 MetMapTM数据库怎么用

MetMapTM是KEGG的扩展和升级，因此可以搭配KEGG数据库来使用。MetMapTM通路会标注KEGG来源通路，以下图为例，展示了KEGG的异黄酮代谢通路以及MetMapTM其中一个通路。MetMapTM通路上游KEGG通路为异黄酮代谢通路。

KEGG数据库异黄酮通路

MetMap™数据库异黄酮下游补充通路

当我们通过前期的数据分析把目标通路锁定到异黄酮通路时，可以以Genistein物质为中间点，把两个通路联系起来。丰富异黄酮通路的代谢物及基因的数量。另外，异黄酮通路里的大部分结构基因或许已经研究的较为充分了，我们可以把MetMap™通路上锁定的基因和代谢物作为后续研究的重点，若该基因在本物种中未进行报道，可以作为一个新基因进行后续实验验证工作，大大缩短了挑选新基因的工作量。

另外，除了结构基因，代谢物的信息之外，MetMap™数据库中还提供了有验证的转录因子的信息，这也是KEGG数据库里一直缺少的内容。目前大家对转录因子的关注越来越多，转录因子往往只能通过相关性或者与拟南芥等模式植物进行系统进化树分析进行候选筛选，工作量确实非常大。利用MetMap™数据库，可以省去这一部分的工作量，直接在通路里找到，进行后续验证即可。